SMK Pelayaran Jakarta memiliki konsentrasi keahlian Nautika Kapal Niaga yang merupakan Konsentrasi Keahlian/Kompetensi Keahlian yang sangat berpeluang besar di dunia industri. Peserta didik akan mendapatkan Sertifikat Kompetensi yang diterbitkan oleh Kementrian Perhubungan dalam bentuk Sertifikat Ahli Nautika Tingkat IV