SMK Pelayaran Jakarta selain melaksanakan Pembelajaran Dalam Kelas juga melaksanakan Pembelajaran Luar Kelas. Agenda Pembelajaran Luar Kelas yang dilaksanakan SMK Pelayaran Jakarta salah satunya adalah dengan mengunjungi Museum Lubang Buaya di Jakarta yang di ikuti Taruna/i tingkat X dan XI SMK Pelayaran Jakarta. Tujuan Pembelajaran Luar Kelas ini adalah untuk menambah wawasan Taruna/i dan juga memperkuat rasa Nasionalisme serta mengenang para Pahlawan Revolusi Indonesia yang gugur oleh kekejaman PKI pada masanya.
