SMKS Pelayaran Jakarta melaksakan agenda Pesantren Kilat bagi taruna/i yang muslim. Pesantren kilat adalah kegiatan pembinaan keagamaan yang dilakukan secara singkat, biasanya selama bulan Ramadan, untuk meningkatkan keimanan dan ketaqwaan siswa dengan kegiatan Islami seperti mengaji, belajar agama, dan praktik ibadah. Tujuan Pesantren Kilat ini adalah Menambah pengetahuan tentang agama Islam, Memantapkan iman dan ketaqwaan siswa, Membentuk siswa menjadi muslim yang mampu mengamalkan ajaran Islam dalam kehidupan sehari-hari.
