Displin merupakan kunci dari kesuksesan, karen itu SMKS Pelayaran Jakarta selalu menerapkan kedisiplinan bagi warga sekolah. Begitu pula bagi taruna/i. Hal ini agar taruna/i terbiasa dengan sikap disiplin sejak dini. Pembiasaan disiplin yang diterapkan bagi taruna/i dantaranya dalah berangkat pagi,absensi dan kerapian dalam berpakaian. Kegiatan ini dilakukan oleh anggota dewan yang piket di dampingi atau di awasi oleh guru piket.
